APP和微信小程序在运营过程中各有优势和劣势，并且选择PHP还是Java作为后端开发语言也是需要考虑的关键因素。

对于APP，它的最大优势在于提供了更加优质的用户体验。APP可以充分利用手机的各种硬件设备，可以进行更加灵活的布局和设计，操作更加顺畅。此外，APP也可以通过推送消息和针对用户的个性化推荐，提高用户黏性，增加活跃度。不过，APP的独立性也带来了一些劣势，其需要独立进行下载、安装和升级，对于用户来说使用门槛相对较高。

微信小程序则弥补了APP的不足。微信小程序具有轻量化的特性，可以不下载、不安装，通过扫码或搜索即可直接打开，使用更加方便。此外，微信小程序的生态体系较为完善，可以通过微信社交关系链的作用，更好地推广和传播。然而，在小程序中，受限于微信平台本身的限制，对于一些更加复杂的操作和功能实现，可能需要通过跳转至外部网页来完成。

而后端开发语言的选择也影响着APP和小程序的开发和运营。PHP和Java是非常常见的后端开发语言之一，都有着丰富的开源库和文档资源。PHP语言具有简单、易上手、开发速度快的特点，广泛应用于开发简单的网站、接口服务等。Java语言则具有强大的扩展性、稳定性和可维护性，适合开发更加复杂的系统，并且可以通过JVM来实现跨平台运行。

在选择后端开发语言时，需要考虑项目的实际需求和规模。如果项目较为简单、开发时间紧迫，选择PHP语言可以更快速地完成开发，提高开发效率。而如果项目规模较大、需要稳定性更高、代码可维护性更强，选择Java语言则会更合适。

总体来说，APP和微信小程序各有其优劣，在具体应用场景中需要根据需求和实际情况来选择。而选择后端开发语言则需要结合项目需求、开发人员技能和系统属性等多种因素来进行决策。